Цялата площ на Националния парк „Езеро Керкини” е определена като  защитена зона по директивата за местообитанията от мрежата НАТУРА 2000 с наименование "Езеро Керкини – Крусия - билото на планина Беласица, Ангистро - Харопо" GR20160001.
Езерото Керкини и река Струма са включени в Рамсарската конвенция под наименованието "Езеро Керкини".
В района има и две защитени зони по директивата за птиците, от мрежата НАТУРА 2000 : "Езеро Керкини - Крусия планина" GR20160008и "Планина Беласица" GR20160010 от мрежата НАТУРА 2000.
Съществуват и четири резервата за опазване на дивата природа (Wild Life Refuges), където лова е забранен: Петрици K727, Езеро Керкини - Ираклия – Петрици K733, Ливадица - Рупел K791, Теодорио - Анатоли K888.
Района на Рупел е определен като Район с изключителна природна красота (AONB).