Досега в Националния парк са установени около 1300 растителни видове, някои от които са редки или ендемични.
В блатистите райони доминират видове като щитолистната какичка (Nymphoides peltata), бялата водна лилия (Nymphaea alba), блатният ирис (Iris pseudacorus), водната мента (Mentha aquatica), класовидният многолистник (Myriophyllum spicatum), широколистният папур (Typha latifolia) и др. От дървесните видове се срещат предимно върби (Salix spp.), тополи (Populus spp.), източен чинар (Platanus orientalis), полски ясен (Fraxinus angustifolia) и др. Разпространени са също вечнозелени и листопадни широколистни видове като зимен дъб (Quercus sessiliflora), келяв габър (Carpinus orientalis), обикновена шипка (Rosa canina), обикновена леска (Corylus avellana), трънка (Prunus spinosa), мъждрян (Fraxinus ornus), дребнолистна липа (Tilia cordata), обикновен глог (Crataegus monogyna), бръшлян (Hedera helix), кленове (Acer spp.). Много видове диви цветя растат тук като орхидеи (Οphrys spp., Οrchis spp.), минзухари (Crocus spp.) и др. В по-високите и по-студени райони преобладава обикновеният бук (Fagus sylvatica). В тези райони също така се срещат българската ела (Abies borisii-regis), черната елша (Alnus glutinosa), водният габър (Ostrya carpinifolia), обикновеният кестен (Castanea sativa), различни видове глог (Crataegus spp.), мъждрянът (Fraxinus ornus), различни видове клен (Acer spp.), брекината (Sorbus torminalis), бръшлянът (Hedera helix), обикновеният повет (Clematis vitalba), минзухари (Crocus spp.) и др.
В по-обширния район около езерото Керкини има много ендемични видове или пък редки видове както за Гърция, така и за Балканския полуостров. Два растителни вида (Asperula aristata spp. Thessala и Acinos alpinus ssp. Nomismophyllus) са ендемични. Други два вида се срещат само тук и никъде другаде в Гърция (Marsilea quadrifolia, Najas gracillima). Тук са разпространени и някои видове, които са рядко срещани в Гърция (Riccia fluitans, Ricciocarpus natans, Azolla filiculoides). Също така са открити пет сухоземни видове, за които Северна Гърция представлява крайната граница на тяхното разпространение, като например дрипавка (Crepis conyzifolia), вид гарвански лук (Ornithogalum bucheanum), водна самодивска трева (Peucedanum aequiradium), лечебна самодивска трева (Peucedanum officinale) и лечебен чистец (Stachys officinalis). Четири вида са включени в Червената книга на растенията в Европа – широколистна мишовка (Minuartia saxifrage) (R), плаваща лейка (Salvinia natans) (E), джулюн или воден орех (Trapa natans) (V), стоянова теменуга (Viola stojanowii) (R).
Открити са и 11 защитени от закона вида по силата на Президентски указ 67/81 за защита на флората и дивата природа и определянето на процедури за координиране и наблюдение на научните изследвания върху тях (ДВ 23 A/30.1.1981). Това са лудото биле (Atropa bella-donna), поветицата (Convolvulus boissieri ssp. parnassicus), месночервеният дланокоренник (Dactylorhiza incarnate), скалният карамфил (Dianthus petraeus ssp. Orgelicus), пролетната тинтява (Gentiana verna ssp. balcanica), обикновената пърчовка (Himantoglossum hircinum), хойфелиевият нежит (Jovibarba heuffelii), албанският крем (Lilium carniolicum ssp. Albanicum), петровият кръст (Lilium martagon), бледният салеп (Orchis pallens), трицветната теменуга (Viola tricolor ssp. Мacedonica). В заключение, 18 вида са балкански ендемити – един вид шапиче (Alchemilla lanuginose), дългоцветна лазаркиня (Asperula aristata ssp. condensata), връшняк (Bruckenthalia spiculifolia), ряповидна метличина (Centaurea napulifera ssp. napulifera), балкански рожец (Cerastium decalvans), балканска паламида (Cirsium appendiculatum), дреновскиева боянка (Erysimum drenowskii), гръцко еньовче (Galium hellenicum), висока жълтуга (Genista tinctoria), македонско черноглавче (Knautia macedonica), един вид пропадниче (Pedicularis brachyodonta ssp. moesiaca), лятно живениче (Scrophularia aestivalis), един вид плюскавиче (Silene asterias), балканско плюскавиче (Silene balcanica), валдщайново плюскавиче (Silene waldsteinii), един вид чистец (Stachys plumosa), един вид мащерка (Thymus degenii), един вид великденче (Veronica barrelieri).