Изградена е през 1857 г. със султански ферман. Построена е от най-опитните майстори от Дебър и от града и с доброволен безплатен труд на цялото население на Петрич. Камъни за строежа са пренасяни на ръка от градската река, а мраморните плочи за пода са били донесени от руините на античния град Хераклия Синтика. По план църквата „Св. Богородица“ е псевдобазиликална с притвор и допълнително изградена камбанария в западния ѝ край, над нартекса. Почти е унищожена от пожар през 1987. Впоследствие храмът е основно обновен.